O Programa de Pós-Graduação em Ciência Animal (PPGCA) da Faculdade de Agronomia e Zootecnia (FAAZ) da UFMT foi criado no ano de 2005 com o objetivo de formar mão de obra altamente qualificada para atuar como docente e/ou pesquisador na área de Zootecnia. Nesse sentido, o desenvolvimento de estudos que possam resultar na geração de conhecimento (técnicas e tecnologias) voltado para responder perguntas e problemas que colaborem para incrementar os índices produtivos na produção animal brasileira, associada à redução de impactos ambientais e melhoria da qualidade de vida do homem no campo são o compromisso do PPGCA.

O primeiro processo seletivo foi realizado no mês de novembro de 2005 o qual culminou com a primeira turma iniciando suas atividades no mês de março de 2006. Em 2012, a proposta de curso de doutorado foi aprovada pela CAPES, com a primeira turma ingressando em 2013. O PPGCA tem nota 4 junto à CAPES e até a presente data, cerca de 140 mestres e 6 doutores foram formados pelo programa. Atualmente, 45 alunos de mestrado e 38 alunos de doutorado estão regularmente matriculados junto ao programa. Adicionalmente, discentes dos Programas de Pós-Graduação em Ciências Veterinárias e Agricultura Tropical, bem como de Zootecnia (Campus Sinop) cursam disciplinas no Programa de Pós-Graduação.

Duas Linhas de Pesquisa são desenvolvidas no PPGCA, Nutrição e Produção Animal e Forragicultura e Pastagens, as quais contam com 26 Docentes que se decidam às pesquisas em Nutrição e Produção de Ruminantes e Não Ruminantes, Reprodução Animal, Piscicultura, Forragicultura e Pastagens e Tecnologia de Alimentos. 

Os docentes do PPGCA possuem convênios com pesquisadores de outras instituições de pesquisa nacionais, tais como a EMBRAPA (CNPGC e Agrossilvipastoril), Universidade Federal de Viçosa e Universidade de São Paulo, assim como de instituições internacionais (Texas A&M University/USA, University of Nevada/USA, US Dairy Forage Research Center/USA, University of Wisconsin/USA, The Ohio State University/USA e Agriculture and Agri-Food Canada).

Como infraestrutura de suporte ao ensino e pesquisa, o PPGCA possui Laboratórios de Pesquisa na área de Nutrição Animal, Reprodução Animal, Forragicultura e pastagens, Tecnologia de Alimentos e do Pescado, bem como Laboratórios de apoio em outras faculdades como de Biologia Molecular. Adicionalmente, conta com a Fazenda Experimental da UFMT localizada no município de Santo Antônio do Leverger (a 30 km de Cuiabá), onde a maioria dos trabalhos de pesquisa dos pesquisadores pós-graduandos realizam seus trabalhos de campo nos setores de Ovinocultura, Piscicultura, Suinocultura, Bovinos de Corte, Bovinos Leiteiros e Laticínio Escola.