A Pró-reitoria de Planejamento da UFMT conta com uma Coordenação de Gestão Orçamentária, a qual possui duas gerências vinculadas: Gerência de Planejamento e a Gerência de Contratos e Convênios.

Além dessas, fazem parte de sua estrutura outras quatro gerências, as quais estão ligadas diretamente à Pró-reitora, são elas: Gerência de Avaliação Institucional, Gerência de Articulação de Contrato e Convênios, Gerência de Estatísticas e Informações Institucionais e Gerência de Desenvolvimento Institucional e Estudos Estratégicos.

A Gerência de Articulação de Contrato e Convênios - GACC é responsável pelo acompanhamento dos Contratos firmados entre a Fundação Universidade Federal de Mato Grosso – FUFMT e a Fundação de Apoio da UFMT – Fundação Uniselva, referentes aos projetos de ensino, pesquisa, extensão, desenvolvimento institucional, científico e tecnológico e estímulo à inovação regidos pela Lei Nº 8.958/1994. Nesse sentido, acompanha, também, a designação e a atuação dos fiscais dos respectivos contratos.

A Gerência de Avaliação Institucional - GAI é responsável pelo cadastramento, acompanhamento e divulgação das informações do Sistema e-MEC, relativas aos processos de regulação, avaliação e supervisão no âmbito da graduação, pós-graduação Lato Sensu e Institucional. Além do Relato Institucional para o Ato de Recredenciamento Institucional, a GAI é responsável também pelo acompanhamento, divulgação, sistematização e elaboração dos relatórios e estudos sobre os Indicadores de Qualidade da Educação Superior: ENADE, IDD, CPC, IGC, CC e CI.

A Gerência de Desenvolvimento Institucional e Estudos Estratégicos - GDIEE tem a função de coletar, tabular, auditar e, por meio de estudos estratégicos e relatórios gerenciais, difundir os dados e indicadores institucionais, tanto para dar suporte ao planejamento e às políticas de desenvolvimento da Universidade, como para responder às solicitações externas.

A Gerência de Estatísticas e Informações Institucionais - GEII é responsável, junto ao Pesquisador Institucional (PI), pelo Censo da Educação Superior da UFMT. Realiza a cessão de dados e informações estatísticas para elaboração de documentos Institucionais, para subsidiar a elaboração de estudos de atribuição da PROPLAN e, ainda, realiza atendimento de demandas de dados do Serviço de Informação ao Cidadão (SIC) e de Unidades da UFMT. Tem a responsabilidade de estruturar e manter repositório de dados Institucionais, realizando seminários para divulgação dos mesmos.

A Coordenação de Gestão Orçamentária - GCO é responsável pelo planejamento, orientação, coordenação e avaliação do sistema de planejamento, orçamento e relações institucionais entre a Universidade e o Ministério da Educação.

A Gerência de Contratos e Convênios - GCC é responsável por estabelecer normas e orientar sobre os procedimentos relacionados à celebração de Contratos, Acordos de Cooperação, Convênios e Congêneres da UFMT.

Coleta, analisa, disponibiliza e monitora indicadores de desempenho, conforme informações prestadas por órgãos internos e externos.