Uma Empresa Júnior (EJ) é uma associação sem fins lucrativos gerida por estudantes matriculados nos cursos de graduação da UFMT, e conta com docente(s) orientador(es). Como uma atividade didático-pedagógica, as EJs realizam atividades com fins exclusivamente de ensino, pesquisa e extensão, desenvolvendo estudos, projetos, produtos, consultoria e serviços para empresas, organizações, entidades e sociedade em geral, relacionadas ao seu campo de estudo. O EIT incentiva e apoia o empreendedorismo acadêmico, bem como acompanha a gestão, as atividades e os resultados obtidos pelas Empresas Juniores. A Federação de Empresas Juniores de Mato Grosso (FEMTEJ) contribui com a formação e desenvolvimento das EJs em Mato Grosso. As EJs atuais e futuras são regidas pela Lei nº 13.267/2016. No âmbito da UFMT, as atividades das Empresas Juniores são regidas pela Resolução CD nº 48/2023.