O Mestrado Profissional em Ensino de História foi idealizado no ano de 2012 por um grupo de professores do Estado do Rio de Janeiro. A proposta foi inicialmente apresentada pela Profa. Dra. Marieta de Moraes Ferreira (UFRJ) e desenvolvida por docentes vinculados a seis instituições do Rio de Janeiro, a saber: UFRRJ, UFRJ, UFF, UERJ, UNIRIO, PUC-Rio. A proposta contendo 12 instituições foi analisada e aprovada pela Capes em agosto de 2013. E, 2014 foi realizado o primeiro processo seletivo do ProfHistória. Atualmente o Programa conta com 39 instituições associadas. 

Na UFMT, a primeira turma do Mestrado ProfHistória ingressou em agosto de 2016, desde então, foram matriculadas  turmas em 2018, 2019, 2020, 2022 e 2023. 

Em 2023 a Capes autorizou a criação do doutorado e o programa passou a ter 4 linhas linhas: (1) Saberes históricos no espaço escolar, (2) Linguagens e narrativas históricas: produção e difusão, e (3) Saberes históricos em diferentes espaços de memória (4) Ensino de História e políticas públicas – Cada uma delas explora aspectos específicos da produção, circulação e ensino da história, dentro e fora da escola, com ênfase em práticas pedagógicas, linguagem e usos sociais do passado.

Na UFMT, a primeira turma do Doutorado ProfHistória iniciou em 2025/.