As aves silvestres aquáticas das ordens Anseriformes e Charadriiformes são hospedeiras naturais do vírus da influenza aviária (AIV) e do vírus da doença de Newcastle. As espécies migratórias desempenham um papel significativo na disseminação intra e intercontinental desses patógenos, além de contribuírem para amplificação e manutenção viral em ambientes silvestres. A ocorrência de transbordamento viral interespécies não é incomum, portanto, o monitoramento epidemiológico que visa detectar a circulação desses vírus na avifauna é imprescindível, principalmente em locais que funcionam como sítios de escala e invernada de aves migrantes. O estado de Mato Grosso (MT), situado no Brasil Central, é percorrido por duas importantes rotas migratórias intercontinentais, onde alguns sítios de concentração aviária estão localizados em regiões periurbanas, sendo comumente observado o contato próximo entre a fauna silvestre, doméstica e seres humanos. Esse estado é composto por três biomas ricos em biodiversidade: Amazônia, Cerrado e Pantanal, nos quais já foram catalogadas 916 espécies diferentes de aves silvestres. Tendo em vista as características ecológicas do estado de MT, o objetivo desta pesquisa foi investigar indícios de atividade viral de AIV e NDV na avifauna local. Ao todo, foram testadas para ambos agentes, pela técnica de RT-qPCR 1.138 amostras de swabs orotraqueais e cloacais. Resultado positivo para Alphainfluenzavirus foi detectado em amostra coletada de uma ave silvestre pertencente á espécie Charadrius collaris, capturada na Baía de Chacororé, localizada no município de Barão de Melgaço (MT). A amostra positiva foi submetida ao equenciamento genômico (NGS), mas não foi possível obter o genoma completo para confirmação do subtipo viral. Todas as demais amostras testaram negativas para ambos agentes. O monitoramento epidemiológico na região e novas buscas deverão ser realizadas para investigação desses vírus na região do Pantanal mato-grossense.
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