Os pequenos mamíferos e seus ectoparasitas participam da cadeia de transmissão de diferentes patógenos, podendo exercer papel de reservatórios e vetores agentes patogênicos que causam doenças. Neste contexto, carrapatos e amostras de tecidos (sangue, baço, fígado e pulmão) de pequenos mamíferos de onze diferentes municípios do Estado de Mato Grosso, Brasil, foram submetidos à extração de DNA e, posteriormente, à Reação em Cadeia pela Polimerase (PCR) com objetivo de amplificar um fragmento de DNA de bactérias do gênero Bartonella spp. e Coxiella burnetii, protozoários dos gêneros Hepatozoon e Ordem Piroplasmorida (gêneros Babesia e Theileria). Além disso, os carrapatos coletados de pequenos mamíferos terrestres foram submetidos a detecção molecular de Rickettsia spp. No total, 5,7, 5,34 e 0,63% das amostras foram positivas para Bartonella spp., Babesia spp. e
Hepatozoon spp., respectivamente, em pequenos mamíferos. O total de 72 carrapatos foi identificado e DNA de Rickettsia amblyommatis e Rickettsia belliii foram detectados em Amblyomma auricularium. Relatamos pela primeira vez em Mato Grosso: i. Bartonella spp. em morcegos Lophostoma silvicolum, Myotis nigricans, Phyllostomus elongatus e Pteronotus rubiginosus, além de um possível novo genótipo de Bartonella spp. em L. silvicolum; ii. Neacomys amoenus infectados com Hepatozoon sp.; iii. diferente morfotipo de Ornithodoros guaporensis; iv. ocorrência de argasídeo O. guaporensis no bioma Cerrado; v. ninfas de Amblyomma cajennense sensu stricto e A. auricularium parasitando roedores Thrichomys pachyurus. Portanto, importantes patógenos circulam em pequenos mamíferos silvestres no Estado de Mato Grosso e também nos carrapatos, sendo algumas espécies descritas pela primeira vez como hospedeiras por meio desse estudo.
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