Sequenciamento de nova geração – 16S rRNA do microbioma urinário e resistência antimicrobiana de isolados bacterianos na urina de cães saudáveis e com infecções urinárias e isolados bacterianos de cães com Neoplasias submetidos a tratamento quimioterápico

Autor: Andreia Rizzieri Yamanaka

Categoria(s): Tese

Palavra(s)-chave: Cães, Cistite, Infecções, Microbioma, quimioterapia, Urina

A urina de indivíduos saudáveis sempre foi considerada um ambiente estéril, até novas técnicas de diagnóstico serem utilizadas na detecção de bactérias nesse ambiente; técnicas essas como o sequenciamento através do gene 16S rRNA, que permitiu caracterizar o microbioma urinário e mudar o paradigma clínico de que urina é estéril. O presente estudo objetivou determinar a presença de isolados bacterianos na urina de cães saudáveis (grupo controle) e com infecção urinária (grupo cistite), identificar os micro-organismos através do exame padrão de cultura urinária e pelo antibiograma e avaliar a presença de bactérias multirresistentes; além de determinar os principais agentes do microbioma da urina de cães saudáveis e com infecções urinárias, através do sequenciamento do gene 16S rRNA objetivou ainda avaliar o perfil de micro-organismos presentes na urina, o padrão de susceptibilidade antimicrobiana e as covariáveis raça, sexo e tipo do tumor no desenvolvimento de infecção urinária em cães que foram sendo submetidos a tratamento quimioterápico. A urina dos cães dos três grupos, foi coletada através da técnica de cistocentese e realizada cultura e antibiograma de todas as amostras; amostras selecionadas aleatoriamente de cães saudáveis e com infecção do trato urinário também foram sequenciadas pelo método 16S rRNA através do sequenciador de nova geração Illumina®. No grupo controle 24,39% (10/41) e no grupo cistite 60,27% (44/73) dos animais que tiveram isolados bacterianos, o grupo cistite foi associado com maior risco da presença dos mesmos em relação ao grupo controle (OR=7,5; IC95% 2,81-22,40). Os principais isolados foram de Staphylococcus spp., E. coli, Proteus sp. e Enterobacter, em ambos os grupos, com diferentes percentuais de isolamento entre os grupos, porém sem significância estatística. Um alto percentual de isolados foram resistentes a ampicilina (68,18%), enrofloxacina (61,36%) e marbofloxacina (59,09%) no grupo cistite e a ampicilina (50%), nitrofurantoína (50%) e cloranfenicol (40%) no grupo controle. O número de isolados multirresistentes foi de 70% (7/10) e 65,91(29/44) nos grupos controle e cistite, respectivamente. No entanto, animais do grupo cistite tiveram a maior chance de apresentar uma bactéria multirresistente (OR=4,3; IC95 1,57-13,61). Quanto ao sequenciamento, os filos mais encontrados tanto no microbioma do grupo controle e cistite foram: Actinobacteria, Firmicutes e Proteobacteria. No grupo controle os gêneros com maior abundância foram: Propionibacterium, Streptococcus, Enterococcus, Sphingomonas, Acinetobacter e Pasteurella; e no grupo cistite foram: Staphylococcus, Rhodococcus, Bacillus e Luteimonas. Quando analisados os cães com neoplasias foi obtida cultura positiva em 68,75% dos pacientes em pelo menos uma das coletas realizadas, sendo a bactéria Staphylococcus a mais isolada. Quanto ao padrão de susceptibilidade antimicrobiana os antibióticos como imipenem e meropenem não tiveram resistência, e a ampicilina, enrofloxacina e nitrofurantoína foram os com maior resistência. Cães de raça tiveram mais chances de desenvolver infecção que os cães SRD. Os resultados do estudo evidenciaram que existe um microbioma na urina de cães saudáveis, e que pesquisas nessa área são essenciais para entender o papel desse microbioma na saúde e doença no trato urinário dos cães.

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