Associada a alta mortalidade, a criptococcose é causada pelo fungo do gênero Cryptococcus. Devido à sua importância, este estudo objetivou analisar a diversidade genética dos isolados de C. gattii de animais, humanos e do ambiente no estado de Mato Grosso (MT), Brasil, durante o período de Novembro de 2010 – Dezembro de 2017. Todos os isolados do complexo de espécies de C. gattii foram submetidos à genotipagem molecular através do Polimorfismo do Comprimento do Fragmento de Restrição (PCR- RFLP) e da Tipagem da Sequência Multilocus (MLST). A análise de PCR-RFLP revelou que 21 isolados (100%) apresentaram o genótipo VGII, o qual é considerado o mais comum e virulento mundialmente. A análise de MLST revelou a presença de 14 tipos da sequência (STs), dos quais cinco foram considerados genótipos novos. O complexo clonal (CC) CC182 (n = 5; 23,80%) e CC309 (n = 3; 14,28%) foram os mais frequentes. A distribuição do CC em relação à origem revelou que três CCs foram encontrados em animais com predomínio do CC182 (66,66%), nove CCs em humanos e dois CCs no ambiente. Observou-se uma extensa variabilidade genética entre os isolados do estado de Mato Grosso. Os STs pertencentes aos complexos clonais (CC) já descritos indicaram a expansão global e a adaptação de isolados em vários outros países. Portanto, a detecção de complexos clonais e STs já descritos em outras regiões e a ocorrência de novos STs no presente estudo auxiliam na compreensão atual da dispersão geográfica e na origem genética do complexo de espécies de C. gattii.
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