A raiva é uma doença fatal que acomete os mamíferos, inclusive os humanos. Apesar de não ter tratamento eficaz após o início dos sintomas, pode ser prevenida com vacinação. O período de incubação é variável, causando meningoencefalite não-supurativa. O agente etiológico é um vírus RNA do gênero Lyssavirus, o qual está distribuído pelo mundo todo, exceto na Antártida. O diagnóstico conclusivo é realizado com amostras do sistema nervoso central coletadas post mortem, sendo a prova diagnóstica padrão é a imunofluorescência direta. De 2005 a 2019, mais de 49 mil casos da doença foram registrados em animais no Brasil, sendo 3.418 registrados em animais de interesse pecuário no Estado Mato Grosso. A falta de informações sobre
a genética, a diversidade e distribuição do vírus da raiva no Mato Grosso foi a motivação para a realização deste estudo. Um total de 117 amostras de tecido cerebral de bovinos, equinos, asininos, muares e ovinos de 29 municípios do estado de Mato Grosso e um município do estado de Rondônia, coletadas entre 2014 a 2021, foram positivas para a doença ao teste de imunofluorescência direta e/ou testes biológicos. O material genético foi extraído e a análise molecular foi realizado usando Transcriptase reversa seguida de Reação em Cadeia da Polimerase para o gene N. Das 117 amostras analisadas, 50 foram amplificadas por Transcriptase reversa seguida de Reação em Cadeia da Polimerase, purificadas e sequenciadas, apresentando 93,13%–100% de identidade com o vírus da raiva. Na análise filogenética, houve a formação de quatro clados, os quais foram geneticamente agrupados em regiões distintas dentro da linhagem Desmodus rotundus. Os resultados da geolocalização dos clados contribuirão para orientar os programas de
monitoramento, controle e vigilância sanitária em MT. Foi capturado, identificado e registrado um exemplar da espécie Diphylla ecaudata que não tinha registro científico no estado de Mato Grosso.
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