Atuando com recursos oriundos exclusivamente do Sistema Único de Saúde (SUS) e gerenciado pela Empresa Brasileira de Serviços Hospitalares (Ebserh), serve de campo de estágio de alta qualidade para os estudantes de Medicina, Nutrição, Enfermagem, Fisioterapia, Serviço Social, entre outros. Apoia fundamentalmente os Programas de Residência Médica em Clínica Médica, Cirurgia Geral, Obstetrícia e Ginecologia, Anestesiologia e Pediatria, todos credenciados e até hoje sem restrições. Em 2001 implantou-se o Programa de Residência Médica em Infectologia, com aval da Comissão Nacional de Residência Médica (CNRM). Estão sendo implantados os Programas de Medicina da Família, de Neonatologia (3° ano opcional em Pediatria) além do PRM em Urologia.

A UFMT possui recursos em conta própria para a construção, em parceria com o Governo do Estado, de um novo Hospital Universitário (HU),  às margens da Rodovia Palmiro Paes de Barros. Caracterizado como de alta complexidade, ele atenderá também com recursos do SUS e contará com uma área construída de 58 mil metros quadrados, incluindo 228 leitos de internação, 63 leitos de UTI, 68 leitos de repouso, 12 centros cirúrgicos, sendo três pediátricos, três gastro e três gerais, 85 consultórios e 45 salas de exames.

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