Para conhecer a história do ICET é necessário compreender a história da criação da Universidade Federal de Mato Grosso.

A partir do início do funcionamento da UFMT, a mesma apresentou a seguinte estrutura acadêmica inicial: Centro de Tecnologia (com os cursos de Licenciatura Plena em Matemática, Física, História Natural, Química e o Bacharelado em Engenharia Civil) e o Centro de Humanidades (com os cursos de Licenciatura Plena em Geografia, Letras e Pedagogia e os Bacharelados em Direito, Economia e Serviço Social).

Posteriormente, o Centro de Tecnologia da universidade foi ampliado, com a criação de novas licenciaturas e bacharelados. Dessa forma surge o Centro de Ciências Exatas e Tecnologia (CCET).

Com a Reforma Administrativa da UFMT, ocorrida em 1992, os Centros de Ciências foram desmembrados. O antigo CCET, transformou-se em um instituto e uma faculdade: O Instituto de Ciências Exatas e da Terra (ICET) (com os cursos de Licenciatura Plena em Matemática, Física, Química e os Bacharelados em Ciências da Computação, Geologia e Química) e a Faculdade de Tecnologia e Engenharia (FTEN) (com os Bacharelados em Engenharia Civil, Engenharia Elétrica e Engenharia Sanitária).

Na antiga estrutura da UFMT, os Departamentos Acadêmicos eram responsáveis pelas atividades de Ensino, Pesquisa e Extensão de uma determinada área bem como o curso de graduação relacionado com a mesma. Com a resolução CD no. 27/92, houve uma melhor divisão dessas atribuições.

Atualmente o ICET contém os Cursos de Graduação: Licenciatura Plena em Química, Licenciatura em Matemática, Licenciatura em Matemática modalidade EAD, Bacharelado em Química e Bacharelado em Estatística; Programas de Pós-Graduação: Mestrado Profissional em Matemática (PROFMAT), Mestrado em Química (PPGQ) e Doutorado em Educação em Ciências e Matemática (REAMEC).