O curso de graduação em Farmácia, atualmente coordenado pela Profª Dra. Rafaela Grassi Zampieron, teve seu primeiro Projeto Pedagógico do Curso (PPC) aprovado pela Resolução CONSEPE nº63/2008 e, no ano de 2009, o curso foi oficialmente trazido à cidade de Sinop. Seu reconhecimento veio no dia 12 de dezembro de 2013, por meio da Portaria de Reconhecimento do MEC nº 666. Os principais processos seletivos de ingresso incluem o Exame Nacional do Ensino Médio (ENEM), transferência facultativa, convênio cultural, ingresso por cortesia, ingresso compulsório e processos seletivos específicos.

Atualmente, o curso de farmácia conta com carga horária total de 4160 horas, sendo divididas em 10 semestres de forma presencial, contando com aulas teóricas e práticas desde o primeiro semestre, em horário integral (turnos vespertino e noturno). Além disso, o atual PPC visa a adoção de metodologias ativas, a fim de potencializar os estudos dos acadêmicos e oferecer melhores oportunidades de aprendizado. A grade curricular atual também conta com atividades complementares obrigatórias nos eixos de pesquisa, ensino e extensão. Tais atividades contribuem grandemente para a formação do profissional, uma vez que oportuniza a iniciação científica, o uso de suas habilidades para com seus pares e para com a comunidade.

O curso de graduação em Farmácia da UFMT-Sinop objetiva formar egressos profissionais Farmacêuticos, com formação generalista, humanista, crítica e reflexiva, que estará capacitado ao exercício de atividades referentes a fármacos e medicamentos, além de análises clínicas e toxicológicas, pautados em princípios científicos, éticos e voltados à realidade social, cultural e econômica de seu meio.

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