O Instituto de Biociências da UFMT foi criado por ocasião da reforma administrativa ocorrida em 1992 pelo desmembramento do Departamento de Biologia do antigo Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS). Na ocasião de sua criação, o IB contava com as seguintes unidades administrativas: Departamento de Biologia e Zoologia, Departamento de Botânica e Ecologia, Coordenação de Ensino de Graduação em Ciências Biológicas Licenciatura, Programas de Pós-Graduação em Ciências Biológicas, Gerência do Zoológico e Herbário (Res. CD no 27 de 12/02/1992). Em 1994 o Herbário Central foi retirado da estrutura administrativa do Instituto de Biociências e passou a compor a estrutura administrativa do Jardim Botânico da UFMT (Resolução CD no 24 de 02/02/1994) e em 2015 o Zoológico passou a ser administrado a fazer parte da estrutura administrativa da Faculdade de Medicina Veterinária (Res. CD no 13 de 04/12/2015).

    O Curso de Licenciatura Plena em Ciências Biológicas foi criado em 1985 no antigo CCBS (Res. CONSEPE no 12/1985) e teve sua primeira reestruturação curricular em 1992 (Res. CONSEPE no 18/1992), já no Instituto de Biociências. No ano de 2014 foi criado o Curso de Graduação em Ciências Biológicas - Bacharelado (Res. CONSEPE no 15 e no 52 de 2014), mas a inserção da Coordenação de Ensino desse curso na estrutura do Instituto de Biociências foi efetivada no ano de 2016 (Res. CD no 11/2016).

    Em 1993 foi criado no IB o primeiro curso de pós-graduação, stricto sensu, nível mestrado e doutorado, o Curso de Pós-Graduação em Ecologia e Conservação da Biodiversidade (Res. CD no 85 de 28/10/1993). No ano de 2013 foi criado o Programa de Pós-Graduação, stricto sensu, Mestrado Acadêmico em Zoologia (Res. CONSEPE no 40/2013) e a inclusão da Coordenação do Programa de Pós-Graduação em Zoologia na estrutura do IB se deu em dezembro de 2014(Res. CD no 19/2014). Em 2014 foi alocado, também, no IB o Programa de Pós-Graduação, stricto sensu, nível de doutorado, em Biotecnologia e Biodiversidade no âmbito da Rede Pro-Centro Oeste (Res. CONSEPE no 61/2014) e a Coordenação desse programa inserida na estrutura do IB em 2016 (Res. CD no 16/2016).

    Em 2017 foi inserida mais uma unidade administrativa no IB, a Coordenação do Programa de Pós-Graduação do Mestrado Profissional em Ensino de Biologia em Rede Nacional – PROFBIO (Res. CD 15/2017), que coordena localmente o Curso de Mestrado Profissional em Ensino de Biologia, aprovado pela UFMT em março de 2017 (Res. CONSEPE no 34/2017). Recentemente, o Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão(CONSEPE) da UFMT aprovou mais um programa de pós-graduação no IB, o Programa de Pós-Graduação, stricto sensu, nível de Mestrado Acadêmico, em Biologia Vegetal (Res. CONSEPE no 89/2019), no entanto até o presente momento a coordenação desse programa ainda não foi inserida na estrutura organizacional da UFMT, e encontra-se em fase de implementação.

    Ao longo dos seus quase 20  anos, estiveram à frente do Instituto de Biociências cinco dirigentes eleitos. Em 1992 o Instituto foi dirigido interinamente pelo Professor Germano Guarim Neto, que conduziu o Instituto até a posse do primeiro diretor eleito, o Professor Francisco de Arruda Machado, que dirigiu o IB de 1993 a 1996. O segundo Diretor foi o Professor Edson Conceição de Campos Moraes, que esteve à frente do IB em duas gestões, a de 1997 - 2000 e a de 2001 - 2004. O terceiro Diretor foi o Professor Lúrnio Antônio Dias Ferreira, que conduziu o IB de 2005 a 2008. O quarto dirigente, eleito para a gestão 2009 -2012, foi a Professora Edna Lopes Hardoim, primeira professora a assumir o cargo de Direção no Instituto. O quinto Diretor do IB, Professor Marcos André de Carvalho, foi eleito para a gestão 2013-2016 e reeleito para a gestão 2017-2020. O atual Diretor é o prof. Paulo César Venere, eleito para a gestão 2021-2025. 

(Texto retirado e adaptado do PDUA- IB-2020)