A Faculdade de Ciência e Tecnologia (FCT), criada a partir da Resolução CD-FUFMT Nº 71 de 28 de junho de 2024, é uma das unidades acadêmicas do Campus Universitário de Várzea Grande. A FCT possui o curso de graduação em Bacharelado em Ciência e Tecnologia (BCT), que atende, atualmente, cerca de 1200 alunos em 12 polos no estado de Mato Grosso, e a Especialização em Agrocomputação: Tecnologias e Inovação no Agronegócio, ambos os cursos na modalidade a distância (EaD). Em 2025, serão ofertados os cursos de Bacharelado em Engenharia de Software e Licenciatura em Ciências Naturais e Matemática, também no formato EaD.

A faculdade é responsável ainda por ofertar as disciplinas do núcleo básico das engenharias para os cinco cursos de graduação da Faculdade de Engenharia (FAENG), a saber: Engenharia de Computação, Engenharia de Controle e Automação, Engenharia de Transportes, Engenharia de Minas e Engenharia Química. A FCT está localizada no Campus Cuiabá, em espaço provisório cedido ao Campus Várzea Grande.