A infraestrutura física de laboratórios do Curso de Engenharia Agrícola e Ambiental compreende os laboratórios dos grupos de formação básica, preparatório de caráter diversificado e profissionalizante.

Os laboratórios do grupo de formação básica utilizados pelo curso são o de Biologia Animal, Biologia Vegetal, os de Química Analítica e o de Química Orgânica. Esses laboratórios atendem não somente o curso de graduação em Engenharia Agrícola e Ambiental, mas a outros cursos de graduação do Câmpus de Sinop.

No grupo de disciplinas de caráter diversificado e profissionalizantes, os laboratórios utilizados pelo curso são o de Desenho, de Solos, de Topografia e Sensoriamento Remoto, de Armazenamento de Produtos Agrícolas, de Mecanização, de Recursos Hídricos e de Construções Rurais, que atendem a mais de um curso, e de Energia, Águas e Resíduos, Automação, Agricultura de Precisão e Eletrotécnica e Instalações Elétricas, que atendem especificamente o curso de Engenharia Agrícola e Ambiental.

Os laboratórios de Topografia e Sensoriamento Remoto, de Armazenamento de Produtos Agrícolas, Construções Rurais, Energia, Águas e Resíduos, Automação, Agricultura de Precisão, Eletrotécnica e Instalações elétricas, e parte dos laboratórios de Mecanização e Recursos Hídricos utilizam estrutura adaptada, pois o prédio destinado a esses cursos encontra-se em construção.

Em relação à infraestrutura de informática e redes de informação o curso não apresenta infraestrutura específica, mas sim infraestrutura e rede compartilhadas. Os alunos do curso compartilham os laboratórios de informática (aproximadamente 70 computadores) e o laboratório de Sensoriamento Remoto e Geoprocesamento (30 computadores) para aulas e para realização de atividades relacionadas às disciplinas, desde que haja um professor responsável. Além disso, há 4 computadores na biblioteca para livre acesso à internet, para todos os alunos do Câmpus.