1. RECURSOS NATURAIS - Com a linha de pesquisa Recursos Naturais objetiva-se caracterizar, conservar, usar e manejar os recursos naturais visando o desenvolvimento sustentável dos agroecossistemas.

2. PROPAGAÇÃO, MELHORAMENTO E MANEJO DE ESPÉCIES VEGETAIS NATIVAS, CULTIVADAS E MEDICINAIS - Com a linha de pesquisa Propagação, Melhoramento e Manejo de Espécies Vegetais Nativas, Cultivadas e Medicinais objetiva-se estudar as formas de melhoramento e otimização dos processos de propagação sexuada e assexuada de espécies vegetais nativas, medicinais e cultivadas, bem como os aspectos climatológicos, edáficos, fitossanitários e fitotécnicos do manejo e produção dessas espécies em regiões tropicais. 

3. SISTEMAS DE PRODUÇÃO - Com a linha de pesquisa Sistemas de Produção objetiva-se estudar os sistemas de produção tropicais, compreendendo e interpretando suas interações ecológicas, agronômicas e silviculturais.