A UFMT conta com seis Pró-Reitorias, dentre elas a Pró-Reitoria de Ensino de Graduação (Proeg), a Pró-Reitoria de Pós-Graduação (ProPG), a Pró-Reitoria de Pesquisa (Propeq), a Pró-Reitoria de Cultura, Extensão e Vivência (Procev), a Pró-Reitoria de Planejamento (Proplan) e a Pró-Reitoria de Administração (Proad).

A Pró-Reitoria de Ensino de Graduação (Proeg) coordena a análise e proposição de políticas, diretrizes e metas para cursos de graduação. Sendo assim, cabe à Proeg o processo de avaliação institucional dos cursos de graduação e o planejamento acadêmico ligado ao desenvolvimento dos cursos de graduação, promovendo estudos e discussões sobre questões ligadas ao currículo, sistemas de oferta, formas de acesso e avaliações dos cursos de graduação.

As articulações entre os diferentes campi e diferentes unidades acadêmicas para realização de ações comuns na área da graduação, são feitas pela Proeg, que também supervisiona os trabalhos executados pela Coordenação de Ensino de Graduação (CEG), Coordenação de Concursos e Exames Vestibulares (CEV) e Coordenação de Administração Escolar (CAE).
A Proeg é responsável pela concessão de bolsas que têm ligação direta com os cursos de graduação, expedição certificados de monitoria, expedição de portarias relativas à alterações de regime de trabalho docente e autorização para realização de teste para professores substitutos, tendo em vistas os critérios para alocação de vagas docentes.

Em função da necessidade de dar forte apoio às atividades de pesquisa e Pós-Graduação na UFMT, em 2001 a PROPEP foi desmembrada em duas novas Pró-Reitorias, a Pró-Reitoria de Pesquisa (PROPeq) e a Pró-Reitoria de Pós-Graduação (PROPG).
A PROPG é o órgão responsável pelo planejamento e execução das atividades relativas à Pós-Graduação na UFMT, no que se refere ao oferecimento de cursos Lato Sensu e Stricto Sensu. É também responsável por supervisionar a Coordenação de Pós-Graduação (CPG), que elabora e coordena os planos de capacitação da UFMT, a articulação com agências de fomento à capacitação, além de acompar os Programas e Projetos de Pós-Graduação Stricto Sensu e Lato Sensu.

Sua função é assessorar a Reitoria, compondo a administração superior para orientação e definição da política da Pesquisa e Pós-Graduação Lato Sensu e Stricto Sensu da UFMT. À ProPG compete a aprovação de projetos de pesquisa e autorização a realização de cursos de pós-graduação na Instituição, de acordo com o que dispõe a legislação específica sobre aperfeiçoamento, especialização, residência médica, mestrado, doutorado, pesquisa e afastamento de docente para cursos de pós-graduação e licença sabática.

A Pró-Reitoria de Pesquisa (Propeq) assessora a Reitoria, compondo a administração superior para orientação e definição da política da Pesquisa e Pós-Graduação lato sensu e stricto sensu da Universidade Federal de Mato Grosso, superintendendo e supervisionando todos os programas especiais pertinentes. Sua missão é fomentar a produção de conhecimento em todas as áreas do saber, através da articulação interna com os grupos de pesquisa, e externa com as agências de fomento.

A Pró-Reitoria de Cultura, Extensão e Vivência (Procev) é responsável pelos programas de articulação com os estudantes, de extensão, de cultura e esporte, lazer e vivência. Foi idealizada para atender as novas demandas e desafios postos ao longo dos últimos anos, cumprindo com suas obrigações acadêmicas e científicas, auxiliando a UFMT a desenvolver intensamente o seu compromisso social. É neste horizonte comunitário onde o seu perfil se define e adquire consciência maior, onde a educação, a ciência, a cultura e a vivência se complementam na formação de uma sociedade equilibrada e sustentável. A Procev expande sua atuação por meio de forte articulação com a comunidade acadêmica e científica; fortalecendo e ampliando sua vocação extensionista; integrando-se à sociedade aliada a projetos culturais importantes e fomentando o esporte profissional e amador do estado por meio das ações de esporte, lazer e vivência.

A Pró-Reitoria de Planejamento (Proplan) tem por finalidade o planejamento e a execução de ações relacionadas a elaboração da proposta orçamentária considerando o Orçamento de Custo, que é a distribuição dos recursos de custeio às unidades Acadêmicas e Administrativa. Compete ainda a Pró-Reitoria de Planejamento assessorar as unidades acadêmicas e Administrativas no controle e execução dos convênios firmados com a UFMT, planejar e implantar política de informatização da UFMT, elaborar projetos e promover a realização e fiscalização de obras, reformas e serviços de engenharia, mantendo de forma organizada as informações e dados relativos as áreas acadêmicas e administrativas para informações da comunidade interna e externa.

A Pró-Reitoria de Administração (Proad) assessora a Reitoria em assuntos referentes à área técnica para garantir o melhor desempenho da gestão administrativa.
Compete à Proad a reposição e remanejamento de vagas de servidor; autorização para concessão de suprimento de fundos; autorização para funcionamento de qualquer atividade comercial nos compi; cessão temporária e eventual de espaço físico da Instituição para realização de eventos de interesse de pessoas externas à comunidade universitária; concessão de auxílio funeral, auxílio maternidade, auxílio reclusão e diárias e passagens; o reconhecimento de dívida do exercício anterior; e demais atribuições administrativas.

• Pró-Reitoria de Ensino de Graduação – Proeg: 3615.8100

• Pró-Reitoria de Pós-Graduação – ProPG: 3615.8260

• Pró-Reitoria de Pesquisa – Propeq: 3615.8281

• Pró-Reitoria de Cultura, Extensão e Vivência – Procev: 3615.8120

• Pró-Reitoria de Planejamento – Proplan: 3615.8224

• Pró-Reitoria Administrativa – Proad: 3615.8080