Referência no estado, do ponto de vista turístico, ambiental e de pesquisa, o Zoológico da UFMT é o único do país implantado dentro de uma universidade.  Com uma área de 11 hectares, o Zoo abriga 469 animais, que incluem répteis, aves e mamíferos dos três ecossistemas regionais: Amazônia, Cerrado e Pantanal.

Atualmente o Zoo é a única referência no estado, para a guarda de animais que são apreendidos pelos órgãos fiscalizadores, como a Fundação Estadual do Meio Ambiente (FEMA), Instituto Brasileiro do Meio Ambiente (IBAMA), Polícia Florestal, e Juizado Volante Ambiental (JUVAM).

A grande maioria das espécies presentes no Zoológico está ameaçada de extinção.  Abrigados em ambientes que reproduzem seu habitat natural, muitos destes animais têm-se reproduzido em cativeiro, entres eles o macaco-aranha, lobo guará, cachorro vinagre, onça parda, mão-pelada.

Com esta reprodução, o Zoo presta uma contribuição fundamental a preservação destas espécies animais, bem como ao desenvolvimento do Banco Genético de animais em cativeiros do Brasil.

Por semana, visitam o Zoológico aproximadamente 10 mil pessoas, dentre elas, pesquisadores de Universidades da região, estudantes de I e II graus – através de visita monitorada, turistas estrangeiros e comunidade em geral.

A UFMT mantém o custeio do Zoo, mesmo sem possuir recursos previstos no orçamento do MEC para tal fim.